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如果已经进行 ODI备案的境外投资项目发生变更，例如境外企业的股权结构、经营范围等发生变化，需要及时向相关部门申请变更备案。

境外投资项目发生变更时，需要按照相关法律法规和程序进行处理。以下是处理变更的一般流程：

1、评估变更情况：首先，投资主体需要评估变更的性质和影响，包括投资主体的增减、投资地点、主要内容和规模、中方投资额的变化等 。

2、准备相关材料：根据变更的具体情况，准备相应的文件和证明材料，例如投资决策文件、投资协议、资金来源证明、财务报表、股权架构图等 。

3、提交变更申请：向原备案或核准的部门提交变更申请，这通常包括境外投资项目变更申报文件和相关附件 。

4、审核流程：提交变更申请后，相关部门会对变更事项进行审核。如果变更事项符合法律法规和政策要求，相关部门会批准变更 。

5、办理外汇变更登记：如果变更涉及资金变动，需要到银行办理境外投资外汇变更登记，提供必要的文件和证明材料 。

6、更新备案或核准文件：一旦变更被批准，相关部门会更新项目的备案或核准文件，以反映变更后的情况 。

7、通知相关部门：变更批准后，投资主体需要通知商务、外汇、海关等有关部门，以及省级政府发展改革部门 。

8、遵守法律法规：在变更过程中，投资主体应严格遵守中国的法律法规，不得威胁或损害中国的国家利益和国家安全 。

9、报告重大不利情况：如果项目实施过程中发生重大不利情况，投资主体需要按规定向相关部门提交重大不利情况报告表 。

10、项目完成报告：项目完成后，投资主体需要在规定时间内提交项目完成情况报告表 。

请注意，以上流程是基于中国法律法规和政策的一般指导，具体操作可能会根据实际情况和当地政策有所不同。建议在处理变更时咨询专业法律顾问或相关部门，以确保符合所有法律和监管要求 。